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[目的]保护五节芒的种质资源并为其开发利用奠定基础.[方法]以五节芒DNA为材料,分析DNA浓度、Mg2+浓度、dNTP浓度、Taq DNA聚合酶的含量以及退火温度对ISSR-PCR扩增结果的影响.并通过单因子试验对ISSR-PCR反应体系进行优化.[结果]建立了五节芒ISSR-PCR的最佳体系:25 μl反应体系中10×PCR Buffer 2.5 μl、0.2 mmol/L 4×dNTP、1.5 mmol/L Mg2+、0.75 U Taq DNA聚合酶.PCR反应程序为94 ℃预变性5 min;94 ℃变性30 s;51～53 ℃退火30 s,72 ℃延伸50 s,40个循环;72 ℃再延伸7 min.利用优化反应体系从100个ISSR通用引物中筛选出了11个稳定性高、重复性好的引物.[结论]这一优化体系的建立为今后利用ISSR标记技术研究五节芒遗传多样性奠定了基础.