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一种高阻隔性改性聚酯树脂的制造方法,包括过程:(1)将聚对苯二甲酸乙二酯(PET)树脂、聚萘二甲酸乙二酯(PEN)树脂、二氢类恶唑化合物和抗氧剂按比例混合均匀,PET:PEN=100:(5~30);PET:二氢类恶唑化合物=100:(0.01~8);PET:抗氧剂=100:(0.1-8)。(2)上述混合物用螺杆挤出机熔融挤出造粒,熔融加工温度为265-300℃,螺杆转速为15~80r/min,混合物在螺杆挤出机中的停留时间为75~400s。