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再渡台海 鉴疏大甲
光绪七年十一月八日，心系台湾的岑毓英再次乘琛航轮渡台。这次，为了督办台北府城和大甲溪修建工程，岑毓英从福州载运器材前来台湾。次日凌晨，琛航号遭遇飓风，船只受阻，暂驻中港行辕等候消息。其间，据说作为清廷兵部尚书的岑毓英心中忽然感到闪闪忽忽，坐立不安，本地士绅、台湾参事陈汝厚乃保荐祈祷于本宫圣母，天骤转晴，指示航线，平安驶出中港。十一月十四日，琛航号轮船终于平安地驶入基隆港。
此时，岑毓英命令统领贵州省部队的何秀林，将台湾岛的所有炮台营碉全部部署妥当。十七日到达台北府的艋甲，又命令贵州部队将孙开华提督原来驻扎的地方一一布防。
岑毓英怀着为民解困的心情，曾在福州城向清廷奏报：“彰化、新竹两县交界之大甲溪，地当冲要，每遇春夏之交，溪水泛滥异常，田地多被冲没，行人遭溺毙者，亦复不少，久为地方之患。现在办理台防，必使中途无阻，文报畅行，遇征调等事庶免迟误。臣此次渡台，据沿途官绅面禀前情，嗣行抵大甲，当即缘溪踏勘。查此溪离海不远，两旁皆山，宽有六百二十余丈。由于地段过宽，既不能建桥梁；盈水无定，又不能行舟楫。审度再三，惟有开河挖道，即以溪中乱石，用笼间杂铁笼装筑长堤，形如八字，将各股溪水束归河中，流入于海，即可用舟过渡，不致为害。另开堰沟以溉田亩，并将两岸荒地招佃开垦，于民生实有裨益。至于河堤须筑三四丈宽，中间杂种竹木，数年后根深蒂固，可期坚久……”十一月二十二日，岑毓英再次风尘仆仆地来到了彰化和新竹交界的大甲溪。
“岑中丞，您来得正是时候。绅民们知道您要修筑大甲溪，都踊跃捐献修堤夫役。其他款项事宜，也都筹备好了，大家都盼望您来典礼！”刘敖说。
早晨9点钟，霞光万道。岑毓英站在大甲溪岸边，面对近千名民工郑重宣布：大甲溪河堤工程正式开工！并要求除了凿疏排洪道、在沿溪两岸砌高堤，以抵御住洪水外，河堤上还要加十多米宽，中间种植竹木，等竹木根深蒂固后，就能坚固耐用了。
岑毓英在大甲溪暂驻，接到带兵建筑大甲溪委员知府马世麟汇报：“大帅，大甲溪有的地方过于低洼，而峡谷既宽且深，实在难办。”
岑毓英说：“哎呀，你们可知‘堕高堙庳’的道理？那就是‘削平高丘，填塞洼地’嘛。你看……”岑毓英指着脚下那惊天动地奔流的江水比划着：“沿溪筑以高堤，低洼处砌以巨石。这样，河堤不但坦如砥道，分杀水势，抵御住洪讯；而且溪渠之间，可通舟船，利于交通。”
马世麟醒悟了：“啊——我明白了：低洼处砌以巨石，又在溪两岸筑以高堤，这样，既可分流水势，又可以通舟船。”
鉴疏大甲溪作为岑毓英巡抚福建期间的一大手笔，深受台湾岛民众的称道。光绪八年三月初，大甲溪工程峻工了。这座长620余丈，高1丈多，4丈厚的大堤，花了7万多两银。
面对已经规规矩矩的大甲溪流，踌躇满志的岑毓英按捺不住激动之情，写出《建大甲溪成诗以纪之》：
甲溪如海阔茫茫，
痛涉民间历是伤；
昔日帝封今有奠，
狂澜自此庆安祥。
同年三月六日，岑毓英带着喜悦的心情离开台北府。当听说岑毓英巡抚要离开台北时，民众们数千人不期而集，各负薪米油盐到台北府大堂，与岑毓英依依惜别……有人作诗赞颂：
疏鉴大甲仅五月，
清廷边陲第一人；
开山抚番筑城碉，
严饬吏员驱倭寇；
只看文告已无伦，
使君安定你独还。
“鉴疏大甲溪作为岑毓英巡抚福建期间的一大手笔，深受台湾岛民众的称道。”何璟总督对同僚们说。后经陈汝厚等人奏请，光绪穆宗皇帝御笔，赞颂岑毓英“与天同功”。
想方设法 凝聚民心
由于种种复杂的原因，台湾的少数民族被迫栖身于高山密林中，与汉族人民形成一道深深的鸿沟，民族间的政治、文化联系几乎处于断绝状态，严重阻碍台湾生产力的发展和社会的进步。尤其是同治年间，因闽、粤汉人的涌入，民族矛盾激化，直接影响到台湾的防务。清廷在调岑毓英任福建巡抚时，特别强调：“其开山抚番未尽事宜，亦当体察情形，次第经理，以为远久之计。”因此岑毓英十分注重台防台治方策。而山前之入版图，百有余年，一切规制何尝具备？所以欲求台防，须求台治，欲求台治则须移福建巡抚驻台，以专责成，开发台湾乃是军事的长久之计。
经过有心探访获取了大量的第一手资料后，岑毓英知道，台地延袤千有余里，官吏所治只占海岛平原三分之一，其余皆番社。因阻隔前、后山的番社与汉人关系不睦，台北、台中两路防军巡逻时只好绕过这些番社，路途遥远，行军不便，运送粮米、军火尤难。
“我身为少数民族，又在广西、云南、贵州等多民族杂居地任职，深知处理民族关系的重要性。查为南洋门户，七省藩篱，奉旨改设巡抚，外资控制，内杜觊觎，实为保固海疆至计。惟沿海仅数县之地，其余番地尚待归化外，气局未成，海外孤悬，与新疆情势迥异。”因此岑毓英期冀清廷及各省财政之支持来开发台湾，才能有成，以杜外资控制，杜绝觊觎，保固海疆。
吴光亮、刘敖等应约来到岑毓英驻地，一起探讨台防等问题。为了实现他在台地的抚番开山，岑毓英绞尽脑汁，甚至对他的前任进行了认真研究，发现台湾自议开山以来，多年剿则无功；抚则罔效；防则徒为富绅土豪保护茶寮，每年虚糜防饷、抚垦费为数甚钜。明知无丝毫之益，却硬是覆辙相蹈！如此看来开山抚番成就实在有限，至于垦地之开辟，大概只有台北、新竹内山一带辟地万亩，而后山则因腴地不多，瘴疠严重，尚未开发，这不能不说是时势使然。整顿吏治方面，沈葆桢于同治十三年所陈台地之积弊未能改观，看到的仍然是班兵惰窳、蠹役盘踞、土匪横恣、民俗 淫、海防陆守俱虚、械斗迭见、学术不明、庠序以容豪猾、禁令不守、烟赌为饔，吏治不彰！可见吏治败坏，全国皆然，而台湾尤重。而缺乏监督则是重要的因素，所以他主张大加整顿，否则“多一新辟之区，适多一藏奸之薮。”
此时有人叹息：“吏治不过如此，其它可想见，不能长久规划，固然是事关个人识见，然而急求军事上立功则限制了吏治之改革，即便台湾设省，扩充行政区划，吏治不彰，纳垢藏污，开发自受阻碍。”
毓英对李凤书、丁槐、吴光亮、刘敖等人说：“开山抚番，在军事上这是最容易邀功，也是最符合台防目标的政策，开山以后招垦，再扩张行政管辖的地区，这是朝野无人会反对的，就海防来说，也反映了求速成的心理需要。然而开山抚番究竟能否并行不悖？”
听了毓英的开山抚番计划，吴光亮说：“用军事的眼光来经营台湾，未尝不可，但外患日亟，顾此失彼，长远之图固然是浮而不实，也非朝廷能全盘顾及，因此台湾之开发不仅需要持续不断，端视外患是否近身而定。”
经过深刻分析，岑毓英认为：“民心为海防之根本，而吏治尤为民心之根本，所以若不整顿吏治，团结民心，仍未免有名无实。我要以实际行动来开山抚番！”
说真干实 开山抚番
历来遵循“用兵之道，必使将识兵心，兵识将意，如身之使臂，臂之使指，方能运调自如”的岑毓英，在驻扎大甲溪期间，邀请台湾道的刘敖、台湾镇总兵吴光亮、台湾知府袁开柝等先后来到行营面商。
岑毓英说：“前次我来台时，知道前后山番社的中路北路还存在许多问题，所以已派遣开垦大户黄南球、姜绍基分头前往招抚，黄、姜两人将朝廷的‘开山抚番’作为己任，已带来26个番目禾乃阿鹿等人，共217户，他们都愿意剃发归顺。”
岑毓英接着告知吴光亮、刘敖等人，他在云南时的老部下、记名提督邹复胜，率贵州兵勇前来福建省投靠他。九月中旬，他派遣邹复胜到后山查看情形。邹复胜带兵士从台湾南路的凤山、恒春、卑南到中路的水尾、璞石阁、大巴朗，共走了18站，才到达花莲港。因北路的生番在路中出没抢劫，只能由南路折回岑毓英的军营，据邹复胜介绍：后山仅有恒春一条道路尚通，防军被迫绕道行走，遇到换防或运输粮食和军火，只能靠轮船护送；而后山又没有大港口，轮船难以停泊；一旦粮饷军火缺乏，只能坐困待毙……
至于各路防务与海口防务的关系，更是岑毓英首当其冲考虑的问题。明清的海军建制虽然有了一些起色，但从总的方面说，实力尚不雄厚，比之于时人称为“船坚炮利”的西方列强，相距甚远。因而他认为“欲内安必先守山，欲外宁必重守水；守山之法劳而易，守水之法进而难”。在海军力量相对弱小情况下，把海上防务作为重点，配之以坚固的海口防范，可有效地扼住来犯之敌强行登陆。
“台湾生番南北纵横七百多里，占踞台湾岛的腹地，其间犬牙交错，无一处不与汉民地界为邻，生番每年杀害无辜居民1000多人。土豪劣绅与匪盗肮脏一气，他们利用生番猖獗的弱点，藉地为巢，设卡于番地，乱敛钱财，豢养游勇抗拒官兵，聚众抢劫。”岑毓英严肃地强调，“不视生番为外民，这是我做人的原则！总揽全台形势，犹如人的一身，生番坦胸露腹，四肢血脉不通，呼吸不灵，百病丛生。”岑毓英顿了顿，接着说：“当此列强蠢蠢欲动之际，台湾一岛孤悬，内患不除，何以御外？然而生番不难抚降，却难于感化。因为其野性难驯，杀人为乐，招抚后仍然出没杀人，一经拿办，即行背叛。”岑毓英知道军事“剿抚”的难度，所以告诫官兵们：“不能一意‘剿抚’，只能将心比心，注重‘感化’。”
吴光亮插了话：“‘感化’谈何容易？”
“此时惟一的办法是：必须疏通中北两路，后山各营的粮饷军火及文报才能畅通无阻；而开山抚番也才能得心应手。”
岑毓英布置：“吴总兵兼统的飞虎小三营拔归邹复胜统带；并在南路兵营中挑派500名兵丁为向导，由台湾嘉义交界的三重埔、老弄社小八洞、关领一带开路，6站便可到后山的大陂，疏通璞石阁、卑南等处；又将现在驻扎于苏澳的一小营，拔归驻防基隆的何秀林就近兼统，并派北路屯丁500人为向导，由大小南澳、新城一带开路，疏通花莲港。将驻扎埔裹社的一小营拔归督带贵州军换防彰化的总兵丁槐，责成查清沿山的垦户，并通知所有隘丁，不准勾结生番，萌生劫杀之念。”
正在全神贯注听着的刘敖，告诫岑毓英：“岑中丞的部署真是周密。只是台湾后山，番地言语难懂，烟瘴很大，要是没有向导，简直是一事无成，更不用谈感化了。”
“提得好！”岑毓英说。十二月二十八日，他就此写出《到台筹办开山抚番等事片》：“臣拟饬何秀林、邹复胜等到开年春暖瘴轻，即设法将路开通，并查清各番社。同时，已派垦户黄球南、姜绍基分头前往招抚当地少数民族头人，凡归顺番目，按其管辖户数多少，分别给予八、九品顶戴，并按月发给钱粮，责令其约束番民，懔遵教化。果能相安无事，再依照湖南凤凰三厅成案，奏请设千总、外委各职，以示鼓励。或须添设文员督同治理，俟察看情形，再行请旨。至于各屯弁共有十八缺，内有五缺久闲无人，均经臣调集考拔咨部注册，所管熟番屯丁台南北共计4000名，亦督饬挑选足额，派出1000名由委员管带操防，以3月为期，轮流更换。每丁只应役3月，不致废弃农业。原领饷银照旧发足，在防之日加给口粮，所费亦属不多，于开山抚番两有裨益。”
根据台湾四面环海的特点，岑毓英对各海口的防御工事给予足够的重视，并提出了台防的具体化策略：“惟有坚筑营垒、固守炮台、以逸待劳、出奇制胜。”在基隆海口，他命令修了1座炮城、15座碉楼，增设台北府城及观音山等处一批炮台营垒，并奏请将他在任云南、贵州巡抚时期所铸造的56尊开花大炮由总兵雷应山、余寿康，副将王家彬保护运往福建台湾，以加强台湾的防务。清廷批准了他的奏折。
体恤百姓 赐民福祉
“岑彦帅提出‘台湾之事，当以省刑薄敛，固结民心为上；分路屯兵，严守陆地次之；添扎营垒，保守海口炮台又次之。而三者俱宜相辅相行，不可偏废’的台防理论，这个设想打破了单纯的军事防御观念，融政治、经济、军事于一炉，尤其是把减轻老百姓负担放在首位，表现了他在办防中紧紧抓住了人这个重要的因素，突出了人在战争中的主导作用。”李凤书私下与何秀林等人议论，丁槐也说：“岑彦帅强调团结，依靠民众守陆地和保海口，既有主次之分，又有相辅而行，是他实地勘探，精心研究的结果。”
“随着台防的稳妥部署，岑彦帅又把目光投入赈济台胞这一庞大的民心工程中。”随营多年的李凤书暗自敬佩着。
是的，作为一名封疆大吏，毓英汲取练军治军经验教训，他知道赈济灾民本是政府的责任，但是毓英作为一个拥有军政大权的封疆大吏，就有义务在自己的辖区内履行这个责任。首先，承平之时不准与平民百姓发生口角，坏了部队多年的好名声。因为军队人多势众，平民百姓势单力薄，一旦发生口角，吃亏的往往是平民百姓！其次，力戒“扰民”，凡驻扎之地，不准向老百姓剥取毫厘。因为战争的破坏，本来就给平民百姓带来不尽的灾难，如果官兵再侵夺百姓的财产，无疑将百姓逼上绝路。作为儒将的毓英是不愿意看到的。再次，在力所能及的范围内，赈济百姓，救民于水火，既然滇军奉行“仁义之师”，就应当时刻体现仁义之师的风范。
光绪七年春夏之交，台湾部分地区叠遭地震和飓风、暴雨的袭击。多次的自然灾害对澎湖地区造成巨大的影响，主要原因是这里不适宜种植禾麦，老百姓全指望花生、地瓜等维持生活，而这些农作物在生长期频繁遭受烈风狂雨，藤叶根株大都霉烂，有碍收成。眼看成千上万的人将要背井离乡，逃荒要饭，身为福建巡抚的岑毓英深表怜悯，批示由原台湾道升任福建臬司的张梦元筹拨粮米赈济。张即从义仓谷中提出2000石碾米运往赈济。他又令新任台湾道刘敖从台局货厘项下提银5000两，派人携往浙江温州府采购薯丝、小米等物资加以接济。
当了解到澎湖列岛饥民达8万余众时，毓英邀请台湾道刘敖询问情形。十月十三日，岑毓英向清廷发出肺腑之言：“臣查澎湖地土瘠薄，农民贫困。此次遭受飓风暴雨而致灾之难民有8万余户，他们嗷嗷待哺，亟需赈恤，以免失所。”得到了清廷的“妥为赈济，毋任所失”之肯定，嗷嗷待哺的饥民即得救济，并得以重建家园。
“体恤百姓之心在儒将岑毓英的心目中是棵常青树，除了对其受灾特重的深耕，二林两保赈米救济外，还雇青壮年者修筑河堤，以工代赈，稳定台湾民心和社会秩序。”何璟看过毓英的奏章后，对穆图善将军说。穆图善对霸气的中丞尽管有看法，但对他的军事思想和体恤百姓之情却十分赞赏：“台湾孤悬海外，凡尽忠尽孝之士民，与妇女之守节守贞者有着极大的关联，他们往往因禀报维艰而多被埋没。岑彦帅却因此而较真了。”原来，为了进一步稳定社会，毓英派遣公正的官吏前往探访为支持丈夫们工作而默默奉献自己的妻子们，查明有17人，符合建立专祠。
“岑中丞的这些安抚措施，体现了他为民着想的精神。在国家内忧外患之际，通过重视安抚，尽可能减少内乱，加强边疆的防务，这无疑是岑中丞防务建设的出发点。”何璟十分首肯岑毓英的这项措施。
注重实效 建筑府城
大年初四，岑毓英自大甲溪回到台北，与当地的官绅一起布置修筑台北府城事宜，认为防务立足点在台岛。
“诸位，上年冬月间，我已跟大家说过要在陈星聚知府已经建设的基础上，建筑一座周径650多丈的台北府城。我想把台北城门建成具有个性化的特色：一是利用岛上优良石条，把台北城建成一座石头城。二是利用台北城八卦地势建成一座长方形城池。三是台北城的城墙与城内道路必须遵循中国传统风水理论设计方案。四是台北城共设东、南、西、北和小南门，与一般古城所设的四门或八门不同。五是为防御近代外夷火炮武器，城门楼作成封闭的碉堡式，城楼上仅留几个小窗，作为窥敌之用。六是台北城5个城门楼的样式与造型各不相同，其中南门与西门相似，北门与东门相似，外设瓮城。小南门独树一帜，不用碉堡式，改采用柱廊式。七是城东西南北四门皆为封火构造，亦即内部虽有木头梁柱，但外观皆以厚实砖石墙封闭，具防火功能。”
刘敖仔细听着，说：“如此设计，实在是稳固而耐用。”陈星聚也说：“岑中丞的策划独具慧眼，而且大刀阔斧，实在令人感动。不过金两是否足够？”
岑毓英说：“先这么定，其它过后再说。总之，时不我待，只争朝夕。力争在光绪十年内建成。”
按照岑毓英的意图，城墙较晚开工，反而是5个城门楼先破土兴工。北门台座以“丁顺砌”构造完成，门洞的部分使用拱卷结构，以数十根石条并列，排成半圆拱状，并在外端安置弧形石条。“以后建的城门沿内留成拱卷，靠城外的一段半径较小，靠城内的一段半径较大，如此一来关闭门扇时便不会露出空隙。”岑毓英对刘敖等人说：“平顶的功能是可以安设门扇，方便开关。空隙的作用是安设垂直的门闩，也就是立闩；也可以从二楼吊下栅栏。”
刘敖别出心裁地将北门门扇设计成高大厚重的木制门扇，为了防范侵入者用火攻，门扇外面贴上了片片的铁片，用卯钉固定。在城墙上有一条斜坡道可登上城墙，从城墙上的马道再登几步石阶即可进入城内。岑毓英于光绪壬午年（公元1882年）三月为新筑城门楼题额。
大刀阔斧 裁汰冗员
清廷多年的讲求海防，固然提升了台湾与大陆的关系，而在重视台防之际，间接促成了台湾之开发。台湾之开发出于清廷整顿台治，也改变了过去消极的治台政策。
岑毓英深知，改革是具有风险的！面对一个庞大而又拥挤的官场，岑毓英冒着风险进行了他的整顿吏治改革举措。他根据六月份总署就张之洞、周德润等内阁学士关于裁减冗员问题作的批示，认为：各省督抚在考察属员时，很多是为了应付，其实不足以惩前毖后。表示：“臣膺任疆寄，察吏安民，责无旁贷，惟有钦遵谕旨，认真整顿，不敢稍存姑息。”当即与藩司张梦元、臬司叶永元、粮道谢家瑞、盐法道翁学本等函商，决定对本省的候补试用府厅州县佐杂盐务各班的1200余人，除由科甲暨举贡生员，阴生、翻译出身按例不考和未经引见验看例应回避各员外，其由吏员、监生、俊秀、捐纳、劳绩出身的例应者共154名，盐大使55名，佐杂各班共596名，加上现任应考正杂159名，盐大使15名，共979名。
岑毓英对张梦元等人说：“吏治之坏，大都因为捐保太滥；若是不严加考核，必导致流品混杂，衙门冗肿。现将实任、候补、试用各班应考人员认真考试。对于这些官员，不论曾经考过与否，一概调集，由我等督同司道分别课试，进行认真、严格考核，择其文理通畅者，知府、直隶州、知县、盐大使，各取留存五成，同知、通判、佐杂各取四成。现任照旧供职，候补试用各班照常补署差委；如果文理尚多通畅，或才智堪以造就，弃之可惜，自当随时酌情办理。至于取留各员，复查其才能操守，照章甄别裁汰，力加整顿，庶吏治可望日有起色。”最后将580名文理不通、又懒又不堪造就的官员裁减，勒令回籍，以清仕途。
岑毓英大刀阔斧地对吏治的整顿治理，令周围的官吏们刮目相看。有人私下议论：“岑中丞真是艺高胆大，而且很有霸气。”“在他面前，我们是小巫见大巫啦。”
“澎湖一岛，乃台郡之门户。门户固则堂奥清宁。是所谓扼寨之大者，澎湖若也。台湾环海依山，延袤两千余里，择其要而扼之，择则莫若澎湖一岛。”岑毓英在巡抚押房里对穆图善将军、何璟等人说。就在毓英等人要大显身手之际，光绪八年因越南问题成了燃眉之火，直督总督张树声以“壮猷远略，英武冠时，且籍隶广西，熟悉形势，又服水土，经营越南北圻，似舍岑毓英莫与属者”向清廷举荐。光绪八年五月初七日，岑毓英接到清廷谕令：“刘长佑著来京陛见，云贵总督著岑毓英署理。张兆栋著理福建巡抚，未到任以前，著何璟兼署。”六月十二日（1882年7月26日）受命署理云贵总督后，岑毓英向何璟等说出自己的肺腑之言：“臣毓英起家于军旅，屡任疆圻。昔在滇省，粗究筹边之略；今来闽峤，愧无横海之名。正切惭愧，复蒙简擢，命回旧地，摄此重权。查云南境接外藩，贵州地称瘠土，无边才不足以驭远，无惠政不足以养民。”之后一面调遣前来援闽的黔省部队回籍边写信告诉刘敖和陈星聚等，让有筑城经验的刘敖继续督办。
在送别之际，张梦元深情地说：“岑彦帅着眼大局，心胸宽广，尊重他人，注重督抚之间联系与合作，这在派系林立的时期，尤为难能可贵。”何璟说：“面对随时而来的外敌入侵，岑中丞防务措施的核心必然是在台湾百姓的生计上，帮助各族军民克服生活上的种种困难，造就全岛民心所向的局势，为即将来临的反侵略战争做好准备。”穆图善将军则说：“岑彦帅在治理台防时已经意识到澎湖防守的重要性。遗憾的是，他来去匆匆，未来得及在澎湖添设必要的军事设施，仅将保障澎湖人民的生活作为台湾防务的一个重要前提。”
岑毓英日夜兼程到战事一触即发的云南。一路上，历来仇视列强的他对幕僚们说：“法国人的夙愿并非侵吞越南，而是以越南为跳板图谋我两广和云南的金矿。清廷‘以琉球守东南，以高丽守东北，以蒙古守西北，以越南守西南’，在这个‘守在四夷’体系中，越南的存亡维系整个华夏。如果说滇省是房屋，则边界是大门，越南是门外的篱笆。把第一道防线推进国境以外的越南，让战争在离开国土尽可能远的地方进行。一旦法寇来侵，就在篱笆遭受破坏时予以痛击！此乃‘古者天子守在四夷。天子卑，守在诸侯。’之理。”毓英暗自告诫：“我本不才，却先后被朝廷看中，一再封官，屡居疆臣。我必须上不负圣主，下不愧苍生。我惟有振奋精神，讲究守备；一息尚存，誓始终之无负。越南防御，事关国家存亡，宜应与云贵两省巡抚尽力整顿，和衷办理；实筹兵食之策，广搜文武人才，来报答朝廷的器重。”
身居北圻 心系台海
岑毓英风风火火地回到云南省城后，就对临安、开化（开远）、广南进行切实部署。该三府与越接壤，回汉夷各族人民间经常为各自利益而发生事端。岑认为“目前正当外患纷至沓来，如果法国侵略者趁机潜入与汉回勾结，危害就不小。俗话说：攘外必先安内。为了做好‘安内’，我拟择其绅耆酋长，组成乡团，分类编查，严加约束。无事则耕种相安，有警则各自为守，既杜绝内顾之忧，又得以专筹御侮。”于是深入边界进行部署，将滇军分成三路。接着又边奏请垦荒减徭、豁免积欠、安抚荒民，恢复铜矿生产，将云南通省的“夫马”自光绪九年起永远裁革！
同时岑毓英敏锐地意识到“法人难以理论，自非派兵进扎，不足以资镇慑。”他一改从前的敌视、怀疑刘永福转为暗资、公开资助刘军的军饷和器械，让黑旗军狠狠打击法国侵略者。以刘永福为首的黑旗军获得纸桥大捷后，为防止法军报复，岑毓英为抗法大业迈出了重要一步——摒弃前嫌添兵为黑旗军撑腰！派遣参将张永清等挑带能耐烟瘴之练军二三营前往兴化、山西一带进扎。当清朝把法国议和的条件征询岑毓英意见时，他揭穿法国和谈的阴谋：“疆界可分，而北圻断不可割；通商可许，而厂利断不容分；土匪可驱，而刘永福断不宜逐。”
随着战事局势不断恶化，岑毓英于光绪九年十月八日主动请缨督师出关抗法，十二月十九日终于接到军机大臣“克日带兵出关，前往山西，择要驻扎”的旨示，55岁的岑毓英奉旨意亲率滇军万余出关援越抗法，成了清廷第一位出关抗法的总督。
人的情感真是奇怪，来去匆匆的岑毓英对于孤岛台湾却有着“割不断理还乱”的千丝万缕联系。光绪十年闰八月初，法国远东舰队主力扑向台湾北部的基隆、沪尾（今淡水），清廷急忙诏任前直隶提督刘铭传以台湾巡抚衔，督办台湾防务。刘铭传临危渡台，在广大爱国军民的支持下，取得了基隆保卫战的胜利，给侵略者以沉重打击。当时基隆军备情形：岑毓英留下的5尊开花洋炮发挥了巨大作用，其它数百尊土炮没有用处；炮台只能守当门一面，敌人由旁攻击，土炮却因不能转变方向旁因而失去威力，港口没有我军的兵船，500人的刘铭传军及澎湖潮普军两营，仅千余人。值得一提的是，岑毓英开山抚番的努力没有白费，在派员深入少数民族地区招安、开路的基础上，还积极做好屯弁缺额的工作。他亲自调集考拔，咨部注册；同时加强训练归顺的少数民族青壮年，使之成为既能下地耕作，又能操枪打仗的战斗集体。这些番民在抵御外侮的斗争中作出了重要的贡献：抗法主要战场的沿海八县，番民居其六，汉民居其四，且因高山族人民敏捷、能战、敢死，被抗法将领认为“可资其力以抗寇……务须格外设法抚使可用”。
基隆一役清军虽获胜，但是刘铭传恐法军再来，向朝廷请求支持。
清廷接到刘铭传的电报后，立即指示南北洋大臣李鸿章、曾国荃及彭玉麟派轮船赴台，并增援台湾军火。
为了保全台湾，朝廷已用心良苦。但是求援不易，在此前后援台的兵力仅有湘淮勇4000余人，至于向外购买的洋轮分布在南北洋的本就不多。在朝廷三番五令下旨拨派后，李鸿章与曾国荃勉强派出，北洋本派出两轮快船，后因朝鲜日本滋事，又调回应急。曾国荃派5艘快船援台，但在浙江海面遭遇法船，2轮沉没，另3轮困守海口，事后只在厦门一带游弋，因此并无兵轮调遣到台，一切军火仰赖民船运送；2月底，渡台的清军700余人在澎湖附近被拦截，虽然刘铭传在大陆军民的支援下，获得了一些物资供应，对抵制法军的封锁有一定的缓解作用，但这种偷渡援台毕竟缓不济急，且损失过重，台湾的局势依然没有重大转机。次年法军用4船即轻易占领澎湖。到九月五日，法国宣布封锁台湾西岸各海口，中国朝野震惊；陆路又有进犯滇、桂之意。
在得到台湾战败的情形后，岑毓英对汤聘珍和赵藩说：“中法战争期间，中国海军的明显缺点是南北洋海防事权不一，不能贯穿一气，因此调防不易，缓不济急。中法台湾战役彰显两项事实：一、中国缺乏可战之兵船，因此法军横行海上，封锁台湾，使台湾孤立无援。二、南北洋海防各自为政，仍经不起协同作战的考验。就台防而论，战后并未大加改善，刘铭传请调兵船赴台，北洋南洋皆未支持，炮台增筑缓慢，援台兵勇，陆续裁撤内渡，刘铭传以戴罪立功之身，全力倾注于台湾内部之整顿！然而，最最关键的却是：中法战役最后以和结局，这固然是法方因国内外的因素不得不和，而清廷的西线战场获得临洮大捷和东线战场的镇南关大捷之际，仍要议和，所为者何？”
是的，光绪十一年二月廿五日，清廷上谕：西南陆师全部撤军……越地终非我有，而全台隶我版图，援断饷绝，一失难复……这种“弃越保台论”，与清廷在台湾的作为并不完全相称。