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【目的】通过深入分析中国产野生蔷薇属植物的遗传背景,为其品种演化、系统分类提供分子学依据,也为种间杂交亲本的选择提供一定的指导,从而为进一步开发我国丰富的野生蔷薇属植物资源提供理论基础。【方法】本研究以50份蔷薇属植物样本、42个种或品种为研究对象,运用SSR标记及单拷贝核基因GAPDH对其遗传多样性进行分析。利用MAC-PR理论预测不同倍性蔷薇属植物的SSR基因型。【结果】在29个SSR位点上共计检测出382个等位基因变异,多态性信息含量介于0. 413 9至0. 934 0之间,平均值为0. 798 9。计算Bruvo遗传距离并构建了邻接树,解决了SSR标记在不同倍性样本之间应用困难的问题。同时基于GAPDH基因序列片段构建了50个样本的贝叶斯树。基于SSR标记构建的系统发生树显示,50个样本聚成了6个分类群,月季组、桂味组样本聚类效果较好,而其他种类与现有分类系统差异较大。通过测序及克隆成功获得了所有样本的GAPDH基因序列片段,其中,比对后的序列长度为841 bp,变异位点数164个;基于GAPDH基因的聚类结果与现有的分类系统也有较大的差异。【结论】蔷薇属植物基于遗传关系的分类体系与现有的植物学分类系统有较大的差别。月季组、合柱组间遗传关系十分紧密;芹叶组、桂味组没有形成单系类群,这两组间可能存在着基因交流事件;小叶组中两个种没有很近的亲缘关系。