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从对主体功能区建设中的行政主导下区域隔离发展现象的认识出发，深入剖析政府与市场在区域中的作用机制，综合考虑各类主体功能区的特点和空间构成要素差异，构建了主体功能区建设中的政府和市场双效运行机制，以期为实现主体功能区协调发展提供基础依据。最后，以西安市未央区为例，在县域尺度范围内对双效运行机制的应用进行实例分析。