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为遏制环境污染日益严峻的趋势,近年来我国刑事立法及司法加大了对污染环境罪的惩治力度。司法实践中,惩治污染环境犯罪仍处于立案处罚难、取证难、鉴定难、因果关系认定难等现实困境。究其原因主要在于:有案不移,环境行政执法与刑事司法的衔接程序不畅;污染环境犯罪案件的取证工作有其现实困难;环境污染损害评估司法鉴定体系尚未建立;污染环境行为与结果之间的因果关系本身具有特殊性。应当通过完善"两法"衔接机制、提升侦查取证能力、构建环境损害司法鉴定体系以及合理运用因果关系推定方法等措施走出司法困境。