【摘 要】
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使用两套基因表达谱数据,按各基因的表达值方差,选择表达变异基因对样本聚类,发现一般使用方差较大的前10%的基因作为特征基因,就可以较好地对疾病样本聚类.对不同的疾病,包
【机 构】
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哈尔滨医科大学生物信息学系,哈尔滨医科大学生物信息学系
【基金项目】
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国家自然科学基金项目(30370798,30170515,30370388);国家863计划课题(2003AA2Z2051;2002AA2Z2052);黑龙江科技攻关重点项目(GB03C602-4);哈尔滨市科技攻关项目(2003AA3CS113);黑龙江自然科学基金项目(F0177);哈医大211工程“十五”建设项目
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使用两套基因表达谱数据,按各基因的表达值方差,选择表达变异基因对样本聚类,发现一般使用方差较大的前10%的基因作为特征基因,就可以较好地对疾病样本聚类.对不同的疾病,包含聚类信息的特征基因有不同的分布特点.在此基础上,结合基因功能分类体系(Gene Ontology,GO),进一步筛选聚类的特征基因.通过检验在Gene Ontology中的每个功能类中的表达变异基因是否非随机地聚集,寻找疾病相关功能类,再根据相关功能类中的表达变异基因进行聚类分析.实验结果显示:结合基因功能体系进一步筛选表达变异基因作为聚
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