蓖麻EST资源的SSR信息分析与功能注释

• 作 者: 邹枚伶 夏志强 陈俊荣 王文泉
• 机 构: 中国热带农业科学院热带生物技术研究所
• 出 处: 热带作物学报
• 发表日期: 2012年12期
• 关键词: 蓖麻 EST-SSR 微卫星 Caster bean EST-SSR Microsatellite

将NCBI公共数据库62592条蓖麻EsT序列进行拼接．得到无冗余Unigene11708条．总长度921kb。在无冗余序列中发现含有SSR的EST序列2471条。共3271个位点。SSR发生频率为27．94％，平均分布距离为2．81kb。在1。6bp的重复基元中，单核苷酸重复基元出现频率最高（37．51％），其次是三核苷酸重复基元（34．63％）、二核苷酸重复基元（25．61％）。出现较多的重复基元是Aft（36．32％），其次是AG／CT（18．28％）。蓖麻的EST—SSR出现频率较高、类型较丰富、