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查岗诺尔铁矿区位于西天山伊犁地块东北缘博罗科努山系的主脊线上,属中天山北缘活动陆缘带。该矿区位于破火山口的西北缘,矿体产状受火山穹窿构造的制约。赋矿围岩为下石炭统大哈拉军山组安山岩及安山质火山碎屑岩。该矿床的成矿期可划分为矿浆期和热液期,隐爆作用伴随成矿全过程。矿浆成矿期形成了浮渣状、斑点状、致密块状、贯入角砾岩状和阴影状等矿石;热液成矿期形成了对称条带状、复角砾状及网脉状等矿石。矿石的稀土元素球粒陨石标准化配分曲线均属向右倾的轻稀土元素富集型,微量元素表现出特征的Nb、Ta亏损和大离子亲石元素富集。矿石