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结肠小袋虫是一种全球性的机会性寄生虫感染病原，可感染包括猪在内的多种哺乳动物，是感染人和非人灵长类动物最大的原生动物。猪是主要的带虫宿主，人与猪直接或间接接触可造成感染。感染猪的粪便污染水源后可能造成突发性的公共卫生事件。病原主要寄生于人和动物的结肠和盲肠，可能表现无症状感染，也可能呈现出血性和黏液性腹泻，特殊情况下转移至肺、尿生殖道、盆腔等肠外组织。