论文部分内容阅读
目的 综合生物信息学方法分析绝经后骨质疏松（Postmenopausal osteoporosis, PMOP）的差异表达基因及免疫浸润机制，并预测治疗PMOP的潜在中药。方法 通过检索GEO数据库获取GSE56116数据集，利用R语言鉴别差异表达基因（DEG）。利用STRING在线平台构建蛋白互作网络图（PPI）,并通过Cytoscape 3.7.2软件进一步构建核心靶点网络图。应用DAVID数据库对差异基因进行GO功能和KEGG富集分析。CIBERSORT用于评估PMOP中免疫细胞的浸润。利用医学本体信息检索平台与差异基因相互映射，预测治疗PMOP的潜在中药。结果 共鉴定出971个DEG,其中包括541个上调基因，430个下调基因，并通过Cytoscape 3.7.2软件筛选得到SYK、FOS、LYN、IL4、HSPG2、ITGB1、RXRA、HCK等可能是与PMOP相关系的核心靶点。GO功能富集主要与甾醇代谢过程（Sterol metabolic process）、胆固醇代谢过程（Cholesterol metabolic process）、肽结合（Peptide binding）、产生超氧化物的NADPH氧化酶激活剂活性（Superoxide-generating NADPH oxidase activator activity）等生物功能相关。KEGG富集分析靶点主要富集在NF-kB信号通路（NF-kappa B signaling pathway）、fcεRI信号通路（Fc epsilon RI signaling pathway）、刺猬信号通路（Hedgehog signaling pathway）、MAPK信号通路（MAPK signaling pathway）、戊糖磷酸途径（Pentose phosphate pathway）等信号通路中。人参、三七、石斛、姜黄可能成为治疗PMOP的潜在候选中药。结论 利用综合生物信息学鉴别DEG、信号通路和免疫浸润有助于理解PMOP的发病机制，为理解与PMOP发生和发病相关的分子机制提供了理论依据，并为进一步探索中药治疗PMOP的作用机制提供了研究方法与策略。