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丙型肝炎病毒（HCV）的NS4A蛋白分子由54个氨基酸残基组成。NS4A与NS4B的结合位点处有一抗原位点结构。NS4A主要的生物学功能就是作为NS3丝氨酸蛋白酶的辅助因子，在HCV多蛋白的成熟过程中发挥着重要的调节作用。NS4A与NS3、NS4B、NS5A、NS5B等蛋白之间的结合是NS4A作为辅助因子，参与多蛋白裂解过程的先决条件。同时，NS4A对于NS5A蛋白的磷酸化修饰过程具有重要的调节作用。