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对引入优秀基因到母猪群来说，人工授精是非常有用的技术，同时极少地传播疾病。然而，被病原污染的精液的危害也可能是巨大的。在公猪精液里被发现的大部分微生物被认为是非致病的，但有些已知的微生物可能引起巨大的经济损失（如猪繁殖与呼吸综合征病毒，PRRSV）。精液的微生物污染可能由公猪的泌尿生殖道或生殖系统感染引起，或者发生在精液的采集、加工或贮存过程中。