【摘 要】
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目的筛选结肠癌的关键基因,探索结肠癌发病机制。方法从公共基因芯片数据库(GEO)搜索有关结肠癌表达的数据,利用GEO2R筛选表达差异基因,对差异基因进行Gene Ontology(GO)富集
【机 构】
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杭州医学院,浙江省疾病预防控制中心,
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目的筛选结肠癌的关键基因,探索结肠癌发病机制。方法从公共基因芯片数据库(GEO)搜索有关结肠癌表达的数据,利用GEO2R筛选表达差异基因,对差异基因进行Gene Ontology(GO)富集分析、信号通路富集分析和蛋白相互作用网络构建。结果共纳入7套结肠癌基因芯片数据,选出在≥4个数据集中有交集的差异表达基因324个,其中上调基因61个,下调基因263个。324个差异表达基因GO富集分析发现胆汁分泌、药物代谢-细胞色素P450、化学致癌作用等与结肠癌的发病有关。筛选得到骨形态发生蛋白2(BMP2)、CXC趋化因子配体1(CXCL1)、CXCL12、CXCL2、胰高血糖素(GCG)、白细胞介素8(IL8)、基质金属蛋白酶1(MMP1)、蛋白磷酸酶2(PHLPP2)和酪酪肽(PYY)9个与结肠癌相关的基因。结论利用生物信息学方法能有效筛选目标基因,并可为进一步研究提供依据。
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