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2009年1月，新一轮医改方案正式出台。按照规划，2009—2012年间中央财政和地方财政将投入8500亿元，其中中央财政将投入3318亿元，用于医疗卫生体制改革的实施。如何用好这笔资金，最大限度的发挥这笔巨额资金的应有作用，成为决定此次改革成败的关键。本文从实际出发，对新医改后卫生系统财政资金管理的现状及存在问题进行了深入的探讨，提出了下阶段卫生系统内财政资金管理应给予的改进和完善策略，以供其借鉴或参考。