【摘 要】
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目的 miRNA芯片筛选与喉鳞状细胞癌(1aryngeal squamous cell carcinoma,LSCC)形成相关的差异miRNA s,结合生物信息学分析确定并进一步验证具有诊疗价值的目标miRNAs。方法Af
【机 构】
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首都医科大学附属北京同仁医院耳鼻咽喉头颈外科,耳鼻咽喉头颈科学教育部重点实验室(首都医科大学),内蒙古自治区人民医院耳鼻咽喉科,首都医科大学附属北京同仁医院病理科,头颈部分子病理诊断北京市重点试验室,
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目的 miRNA芯片筛选与喉鳞状细胞癌(1aryngeal squamous cell carcinoma,LSCC)形成相关的差异miRNA s,结合生物信息学分析确定并进一步验证具有诊疗价值的目标miRNAs。方法AffymetrixGeneChipmiRNAArray3.0芯片对5对LSCC组织及相应的癌旁组织行差异miRNAs的筛选,原始数据上传Gene Expression Omnibus数据库。采用Mev软件中配对方式t检验进行芯片探针的差异分析,经Affymetrix Analysis Center分析后将差异探针转换为差异表达的miRNAs;选择我们前期工作确定的微小染色体维持蛋白4(mini chromosome maintenance protein4,MCM4)作为核心基因,采用Mirfocus数据库生物信息学分析MCM4的调控miRNAs并结合相关文献确定目标miRNAs;采用RT-PCR在另外21对LSCC组织及相应的癌旁组织中验证目标miRNAs。结果经差异筛选分析,有127个差异表达的miRNAs,其中78个miRNAs在肿瘤组织中高表达,49个miRNAs在肿瘤组织中低表达;采用Mirfocus数据库生物信息学分析参与核心基因MCM4的调控miRNAs并结合相关文献,确定高表达的hsa-miR-183-5p、hsa-miR-24-3p为与MCM4调控作用相关的目标miRNAs;hsa-miR-30a-5p为另一个潜在的目标miRNA,且在肿瘤组织中低表达;通过RTPCR验证这3个差异表达的目标miRNAs与芯片筛选结果一致。结论基于miRNAs芯片筛选分析得到的hsa-miR-183-5p、hsa-miR-24-3p及hsa-miR-30a-5p对LSCC的发生发展具有重要调控作用,可作为潜在的诊疗靶点。
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