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利用最少数量引物获得最大鉴定能力，这对种质资源的分子鉴别尤为重要。本研究应用ISSR标记技术对134份云南茶树资源进行了分子鉴别研究，用3种独立的方法对茶树种质资源进行了鉴别：特殊标记、特异的谱带类型和不同引物提供谱带类型组合。结果表明，UBC807等12个引物扩增的10个特异标记的存在和15个特异标记的缺失，可以为香竹箐大山茶等21份资源提供鉴别依据。引物UBC811扩增的54种谱带类型可以为海南大叶茶1等35份资源提供鉴别依据。UBC811、UBC835、ISSR2、ISSR3等4个引物带型的组合可以