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目的 探讨中枢神经系统感染临床诊断中运用CT和磁共振的异常率。方法 选取2017年4月至2020年4月在广东茂名高州市人民医院就诊的50例中枢神经系统感染患者作为疾患组，选择同期接受健康体检的50例健康者作为健康组，两组皆采取CT和磁共振检查，比较分析两组异常率以及疾患组异常病变情况。结果 疾患组CT异常率（82.00%）显著高于健康组（6.00%），磁共振异常率显著（96.00%）高于健康组（16.00%）；疾患组磁共振检查异常率（96.00%）显著高于CT检查（82.00%），健康组磁共振检查异常率（16.00%）显著高于CT检查（6.00%）；疾患组磁共振不同中枢神经系统感染疾病检查异常率皆高于CT检查，P<0.05。结论 中枢神经系统感染患者应用CT与磁共振检查都有较大临床诊断参考价值，磁共振检查异常率高于CT检查，可是CT检查具备磁共振不具备的优势，所以在实际临床诊断中可联合使用CT与磁共振，保证临床诊断的及时性与准确性，降低漏诊或是误诊发生几率，有助于实现患者的及时确诊、对症治疗和早日康复。