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采用分子动力学和分子力学相结合的方法，研究了一类1，2-萘醌类抑制剂与酪氨酸蛋白磷酸酯酶PTP1B之间的相互作用模式．计算得到的抑制剂和靶酶之间的相互作用模式显示范德华相互作用、疏水相互作用以及氢键作用是主要的作用模式．计算结果还表明抑制剂和PTP1B的相互作用能△E越低，抑制剂活性越高．通过计算各种能量对△E的贡献，以及对复合物结构参数的分析，发现抑制剂和受体之间疏水相互作用是造成抑制剂活性差别的主要原因．这为设计其他非酸类抑制剂提供了信息．