【摘 要】
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目的 探讨胰腺癌循环肿瘤细胞(CTCs)中起关键作用的代谢通路及关键基因.方法 从GEO数据库筛选胰腺癌CTCs相关数据集,利用R studio软件筛选差异基因,与KEGG数据库的代谢相关基因比对,寻找代谢相关差异基因.对差异基因进行KEGG通路富集,使用STRING、Cytoscape进行蛋白相互作用网络分析和可视化.最后,对比两数据集富集的代谢通路,获得关键通路及基因,并利用TCGA和TIMER数据库分析关键基因与临床特征和免疫浸润的关系.结果 分别从数据集GSE118556和GSE18670筛选出8
【机 构】
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中山大学孙逸仙纪念医院消化内科,广州510120
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目的 探讨胰腺癌循环肿瘤细胞(CTCs)中起关键作用的代谢通路及关键基因.方法 从GEO数据库筛选胰腺癌CTCs相关数据集,利用R studio软件筛选差异基因,与KEGG数据库的代谢相关基因比对,寻找代谢相关差异基因.对差异基因进行KEGG通路富集,使用STRING、Cytoscape进行蛋白相互作用网络分析和可视化.最后,对比两数据集富集的代谢通路,获得关键通路及基因,并利用TCGA和TIMER数据库分析关键基因与临床特征和免疫浸润的关系.结果 分别从数据集GSE118556和GSE18670筛选出834个和1119个差异基因.前者基因主要富集到半胱氨酸和蛋氨酸代谢、一碳代谢和辅酶因子合成等代谢通路,后者基因主要富集到一碳代谢、嘌呤代谢和甘油磷脂代谢通路.其中转酮醇酶(TKT)在两个数据集的一碳代谢中均显著上调.TKT与总体生存期、肿瘤分期、组织学分级相关(P<0.05).同样编码转酮醇酶同工酶的TKTL1和TKTL2与免疫浸润相关(P<0.05).结论 通过对胰腺癌CTCs数据集的生物信息学分析,发现一碳代谢和TKT可能在CTCs的形成和维持中起关键作用,为进一步研究胰腺癌转移的代谢机制提供一定的基础.
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