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可靠的动物标识方法是追溯体系成功的关键，可用于动物家系、动物健康和食品安全追溯。在繁殖技术多样化和遗传传播模式存在的情况下，生物技术衍生动物（BDAs）及其后代的追踪依然面临很多挑战，一个重要的问题是如何将这些通过传统技术或繁殖技术选育而成的动物与转基因动物进行区分，例如体细胞核转移（SCNT）形成的克隆动物。尽管可选择的动物标识很多，但是不是所有的都可用于生物技术衍生动物的标识，需要将分子学技术和其他物理学标识方法联合起来进行应用。