目的 分析汉族人群caspase-8、-10基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点及其构成的单倍型,为研究caspase-8、-10基因与多基因复杂疾病的关联分析奠定基础.方法采用PCR、变性高效液相色谱技术和DNA测序技术检测caspase-10基因的第2～5外显子,caspase-8基因的第8～10外显子及其部分侧翼序列的多态性位点;分析配对位点的连锁不平衡关系,最大期望值法估算它们构成的单倍型. 结果 (1)caspase-10基因的第2、5外显子分别检出一个SNP位点A2823G和A12799G,其中A12799G是新发现的低信息度的SNP;caspase-8基因中检测到3个SNP位点A43466G、G51484A、G52951A,分别位于第8、9外显子和第9内含子;它们均未改变所编码蛋白的一级结构;(2)caspase-10基因中A2823G位点与caspase-8基因中3个位点间已达到连锁平衡,caspase-8基因中A43466G与G52951A、G51484A与G52951A也达到连锁平衡,连锁不平衡系数分别接近于0;只有A43466G与G51484A存在强的连锁不平衡,连锁不平衡系数接近于1;(3)caspase-10基因的A2823G位点与caspase-8基因的3个位点预计产生11种单倍型,其中A-2823/A-43466/G-51484/G-52951是主要单倍型,频率为0.3811,其次是A-2823/A-43466/G-51484/A-52951,频率为0.2536;这4个SNP位点联用,多态信息含量可达到0.7106. 结论 浙江地区汉族人群caspase-10、-8基因中的SNP位点至少处于3个不同的单倍型块;联合多个相邻的位点构成单倍型,可以弥补单个SNP信息度较低的不足。
浙江地区汉族人群caspase-8、-10基因四个单核苷酸多态性位点的单倍型研究
【摘 要】
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目的 分析汉族人群caspase-8、-10基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点及其构成的单倍型,为研究caspase-8、-10基因与多基因复杂疾病的关联分析奠定基础.方法采用PCR、变性高效液相色谱技术和DNA测序技术检测caspase-10基因的第2～5外显子,caspase-8基因的第8～10外显子及其部分侧翼序列的多态性位点
【机 构】
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310006,杭州,浙江大学病理学与法医学研究所和浙江大学医学院环境基因组学研究所,310006,杭州,浙江大学病理学与法医学研究所和浙江大学医学院环境基因组学研究所,310006,杭州,浙江大学病理
【出 处】
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中华医学遗传学杂志
【发表日期】
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2006年23期
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