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目的：分析真菌性鼻窦炎行内窥镜治疗的疗效。方法选取2013年5月～2015年6月我院收治的真菌性鼻窦炎患者100例作为研究对象，根据不同治疗方法将其分为对照组与实验组，各50例。对照组应用上颌窦根治术治疗，实验组应用鼻窦内窥镜手术治疗，比较两组患者疗效，分析应用内窥镜治疗真菌性鼻窦炎的可行性。结果实验组临床治疗总有效率为96%，对照组临床治疗总有效率为82%，实验组治疗总有效率明显高于对照组，差异有统计学意义（P＜0.05）。结论真菌性鼻窦炎临床行内窥镜治疗，疗效显著，具有可行性，值得推广应用。