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主要有X射线衍射法，核磁共振法和质谱等分析方法。其中X射线衍射法给出的信息最多，可以告诉我们每一个原子在生物大分子晶体中的确切位置，但是使用这种分析方法需要生长生物大分子的单晶，而这往往是很困难的，并且单晶中的生物大分子与活体(生命环境)中的生物大分子在结构方面有很大的不同。核磁核磁共振法测定生物大分子结构时，可以使用溶液样品，测出的生物大分子结构更接近活体情况，而且样品制备也相对简单。质谱主要得到的是生物大分子的分子量，质谱一般配合其他测量手段一起使用，来测定生物大分子的结构。