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生物信息学预测靶向流感病毒H7N9基因片段的人编码microRNA (miRNA)。
方法基于流感病毒H7N9基因片段(HA、NA、PB2、PA和PB1-F2)的保守区,利用miRNA预测软件(FindTar3),筛选出靶点落在保守区的miRNA,通过在线数据库(microRNA.org)分析其在肺组织细胞A549中的表达丰度,综合评估表达丰度及靶点自由能,预测调控流感病毒H7N9基因片段的最佳人编码miRNA。
结果靶点分析得到种子区域匹配基因落在H7N9各基因片段保守区域的miRNA,分别是HA 51条、NA 37条、PB2 29条、PA 19条和PB1-F2 26条;经miRNA在肺组织细胞A549中的表达丰度分析,得到相对高表达、自由能小的miRNA,即调控流感病毒H7N9基因片段的最佳人编码miRNA,分别是hsa-miR-16调控HA和PB2片段、hsa-miR-21调控NA片段、hsa-miR-9调控PA片段和hsa-miR-193b调控PB1-F2片段。
结论合理利用生物信息学在特定的组织细胞中预测靶向病毒基因片段的miRNA,可以为实验室的基础研究及临床治疗提供较可靠的靶miRNA。