靶向流感病毒H7N9基因片段的人编码microRNA的生物信息学分析

来源 :中华实验和临床病毒学杂志 | 被引量 : 0次 | 上传用户:leongiggs
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目的

生物信息学预测靶向流感病毒H7N9基因片段的人编码microRNA (miRNA)。

方法

基于流感病毒H7N9基因片段(HA、NA、PB2、PA和PB1-F2)的保守区,利用miRNA预测软件(FindTar3),筛选出靶点落在保守区的miRNA,通过在线数据库(microRNA.org)分析其在肺组织细胞A549中的表达丰度,综合评估表达丰度及靶点自由能,预测调控流感病毒H7N9基因片段的最佳人编码miRNA。

结果

靶点分析得到种子区域匹配基因落在H7N9各基因片段保守区域的miRNA,分别是HA 51条、NA 37条、PB2 29条、PA 19条和PB1-F2 26条;经miRNA在肺组织细胞A549中的表达丰度分析,得到相对高表达、自由能小的miRNA,即调控流感病毒H7N9基因片段的最佳人编码miRNA,分别是hsa-miR-16调控HA和PB2片段、hsa-miR-21调控NA片段、hsa-miR-9调控PA片段和hsa-miR-193b调控PB1-F2片段。

结论

合理利用生物信息学在特定的组织细胞中预测靶向病毒基因片段的miRNA,可以为实验室的基础研究及临床治疗提供较可靠的靶miRNA。

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