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种系发生学，也被称作系统发生学。它研究物种之间的进化关系，其基本思想是比较物种的特征，并认为特征相似的物种在遗传学上接近。这个概念不单只用于动物种系的发生与发展，还会用在系统学各个层面的分类单元上面。笔者在研究聚落物质空间形态的时候发现，不同聚落之间也存在类似的“种系关系”，比较不同聚落物质空间形态特征和研究某一聚落物质空间形态的发展与演化，也符合种系发生学的研究方法。本文将应用种系发生学的原理分析婺源和张谷荚村聚落物质空间形态，来说明把“种系发生学”引入到聚落物质空间形态研究的重要意义。