De novo测序技术在啤酒易感乳杆菌全基因组研究中的应用

• 作 者: 刘君彦 李琳 李冰 邓阳 徐振波
• 机 构: 华南理工大学轻工与食品学院,美国马里兰大学微生物病理系
• 出 处: 现代食品科技
• 发表日期: 2015年11期
• 关键词: 啤酒易感乳杆菌 DE novo测序 全基因组信息 基因功能注释 Bacilli Beer Bioinformatics
• 基金项目: “十二五”国家科技支撑项目(2012BAD37B01),广东省科技计划项目(E8140475),国家973计划项目(2012CB720800),国家自然科学基金青年基金项目(31201362),广东省优秀博士学位论文作者资助项目(K3140030),中央高校基本科研业务费面上项目(2012ZM0060)

本文应用De novo测序技术对一种未经测序的啤酒易感乳杆菌进行全基因组研究,包括全基因组遗传信息的首次获取以及基因功能的生物信息学分析与注释。通过对1株从啤酒中分离获得的乳杆菌基因组DNA进行提取与纯化,构建了符合质量要求的测序文库,并进行了De novo测序;通过对De novo测序数据进行筛选与质量评价,进一步对筛选后的数据进行了De novo组装与结果评价,最后获得乳杆菌全基因组序列;在获得全基因组序列的基础上,对全基因组序列进行基因预测,并对预测基因进行GO基因功能注释、COG基因功能注释与KE