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苦瓜虽然栽培历史悠久,但其育种及相关遗传基础研究起步较晚,落后于葫芦科其他主要瓜类蔬菜,目前主要集中在3个方面:一是产量、品质、熟性、主要果实性状及其他相关经济性状等的遗传研究;二是抗病性及其遗传基础研究;三是DNA分子标记在苦瓜遗传育种研究中的应用。近年来,许多学者采用品种提纯、有性杂交、杂种优势和诱变育种等方法,通过对耐冷凉、抗病、丰产、早熟、强雌系等苦瓜品种进行选育,育成一批表现较好的苦瓜品种,如大肉一号、桂农科一号和桂农科二号、玉5号、早优苦瓜、早绿苦瓜、农优1号、新科3号苦瓜、强雌品种"Q11-2"和"屿强-2"等。由于苦瓜的遗传育种研究基础相对比较薄弱,今后应加强对苦瓜主要性状遗传规律的研究,如主要性状的表现、杂种二代及以上性状的分离比例、主要性状的遗传力等;加强对苦瓜种质资源的收集、鉴定、评价,尤其是从苦瓜发源地引进种质资源;加强苦瓜分子育种的研究,如指纹图谱数据库、遗传多样性的研究及种质资源的创新利用等方面;建立苦瓜高效组织培养再生体系和高效苦瓜遗传转化体系,采用分子育种手段进行种质资源创新或品种改良;利用化学或物理方法处理愈伤组织以获得抗病、耐冷凉育种材料,或利用花粉小孢子进行培养等。苦瓜发源地国家之间或与苦瓜栽培国家之间应加强合作与交流,共享部分苦瓜种质资源,为苦瓜育种提供更多的基因来源。