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大部门制是市场经济国家普遍实行的政府管理模式。党的十七大提出探索实行职能有机统一的大部门体制，十七届五中全会强调要坚定推进大部门制改革，因此，进一步深化大部门制改革是未来政府改革的方向。但从当前改革的实践看，在大部门与独立机构的关系、大部门制下独立机构的类别和性质等重要问题上，还存在一些不尽准确、容易引起误解的认识，需要予以辨析并逐步明确。