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高校效率和自主权是高等教育领域中两个重要且密切相关的理论和实践问题。高校效率有其特殊性。高校自主权具有两种意蕴与旨趣：一种是扎根于学术自由传统的高校自治,注重大学精神的坚守和大学品质的追求;另一种是基于市场经济规则的高校自主,讲求效率优先,强调高校主动适应经济社会发展的需要,强化量化产出与成本核算。高校应当通过完善内部治理结构、促进高校内部治理体系与治理能力现代化来提高效率。