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万古霉素最常见的不良反应是中性粒细胞减少，但是医生往往忽略其引起的免疫介导性血小板减少。美国研究人员报道了29例由于使用万古霉素而引起严重血小板减少的病例，在这些患者的血清中发现了万古霉素依赖性抗体。这些IgG、IgM抗体可以单独或同时与血小板结合，通常在8天之后就可以导致血小板水平下降93％。在29例患者中，10例出现严重出血，3例死亡。由于医生往往寻找其他引起出血的原因，如肝素的使用，15例患者没有得到及时诊断，持续用药达到2周以上，停药之后，所有存活患者的血小板计数均恢复正常。