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瘤胃厌氧真菌这一特殊的菌群除在瘤胃中发挥重要作用外,其分泌的高活性纤维素酶的应用价值也备受关注,因传统培养的局限性,因此,利用分子生物技术开展的研究逐渐深入。作者主要从瘤胃厌氧真菌的特点和多样性出发,厌氧真菌对结构性碳水化合物、淀粉和蛋白质的降解及在瘤胃生态环境中的作用进行了分析,并对研究瘤胃厌氧真菌的分子生物学方法如内转录间隔区（ITS）、变性梯度凝胶电泳（DGGE）、限制性片段长度多态性（RFLP）、实时荧光定量PCR（Real-timePCR,RT-PCR）和宏基因组学（metagenomics）等