文蛤转录组中微卫星位点生物信息分析

• 作 者: 田镇 陈爱华 吴杨平 陈素华 张雨 曹奕 张志东 李秋洁
• 机 构: 上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心,江苏省海洋水产研究所
• 出 处: 海洋渔业
• 发表日期: 2021年2期
• 关键词: 文蛤 转录组 微卫星特征 生物信息分析
• 基金项目: 江苏省渔业科技类重大项目(D2018-1),江苏省自然科学基金项目(BK20181201),江苏省科技厅苏北专项(SZ-YC2018064),江苏省水产良种保种及更新——文蛤项目(2019-SJ-006),江苏省水产良种保种及更新——文蛤项目(2020-SJ-006),江苏省科技项目(BM2018029)。

采用生物信息学方法分析了文蛤(Meretrix meretrix)转录组中微卫星序列(简单重复序列,simple sequence repeat)的分布规律。结果表明:在文蛤转录组SSR中,单碱基重复序列的数量最多,有3001个;其次为三碱基和四碱基重复序列,分别为2254和2200个;二碱基重复序列1052个;五碱基重复序列332个;六碱基重复序列最少,仅13个。文蛤转录组SSR共包含26种重复基元,其中优势基元为单碱基重复A/T有2809个,其次为三碱基重复AAC/TTG有907个,四碱基和二碱基重复