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当前在跨学历阶段的课程设置上存在着课程重复开设、课程体系衔接不紧密等问题和不足，其原因主要有：MTI院校不重视其课程与英语本科课程的衔接；培养复合型人才需要增加专业知识课程的比例，本科与MTI两个层次的英语专业知识课程重复的几率也相应地增加。针对这些问题，应该采取一定的应对措施协调英语本科和MTI课程设置：本科开设的课程，MTI可以允许学生考核及格后申请免修；规定专业方向限选课；将专业知识课程变成“专业知识＋专业技能”课程；进行课程设置的前期调查等。