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在当今社会环境下，创新能力已经成为决定企业生存和发展的根本动力，创新主体也已经从单一的组织扩展到供应链成员。相关学者普遍认为供应链创新能够正向影响企业绩效，但是农业供应链与传统供应链有不同之处，而已有研究对其背后的作用机制却少有深入探讨。为此，本研究考虑到农业供应链的具体特征，从供应链流程角度重新划分供应链创新的类型，检验各种创新类型与农业企业发展之间的关系，并且探索不同的整合方式在其中发挥的调节作用。本研究筛选了我国92家农业上市公司2007-2017年跨越11年的1012条面板数据作为研究样本，构建随机效应模型进行假设检验、内生性检验和稳健性检验。研究结果表明农业企业的生产和分销流程创新对其发展有显著的促进作用。同时纵向整合在农业企业的生产流程创新对企业发展的正向作用中起消极的调节作用，供应链整合在生产流程和分销流程创新的正向作用中都起到积极的调节作用。事后分析还表明在流程创新对农业企业发展的影响中，网络关系强度发挥了中介作用。最后，本研究结合农业供应链创新的现状，对农业企业优化创新结构、实现协同效应提出了建议。