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全市以自然保护区为主体的生物多样性保护体系基本建成。全市重要生态系统、珍稀濒危野生动植物种类以及重要风景资源、地质遗迹得到有效保护。2018年云南永德大雪山国家级自然保护区32年来首次发现狼和豺、2019年云南南滚河国家级自然保护区发现3只国家Ⅰ级保护动物金钱豹集群活动;不久前云南永德大雪山国家级保护区又发现了西黑冠长臂猿种群。