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在柴达木盆地西部新近纪叠层石纹层中第一次明确发现了保存完好的微生物化石，其中包括微米级别的微生物球状构造，亚微米级的生物颗粒构造以及矿化的席状和片状有机组织。结合目前国内外的研究成果可以确定暗层中微米级球状构造为类似于Coccoid的硫还原微生物，亚微米的球状颗粒一方面是叠层石微生物席胞外聚合物质（EPS）的重要组成部分，另一方面也是极端条件下微生物体脱水收缩以后的产物，而片状和席状构造则是矿化的EPS以及微生物膜。通过对亮层和暗层中生物构造、石英、石盐以及方解石矿物的分析，可以确定叠层石的形成过程分为暗