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临床文献和医史文献研究是贯穿于上海市中医文献馆建馆以来60年中医文献研究的核心工作。本文系统梳理了上海市中医文献馆不同时期所开展的中医文献研究的范围、内容和特点,以及取得的主要成就。建馆初期（1956-1972年）的文献研究以整理研究馆员经验、历代医籍、各家经验、民间献方及研究医史等为主;复馆后（1981-1999年）的文献研究内容在前期的基础上,开展古籍校勘等;新世纪（2000年至今）的文献研究领域不断拓展,加强古籍校注等方面的合作,并开展海派中医系列研究。