基于生物信息学分析的食管癌miRNA-mRNA调控网络的初步构建

• 作 者: 谢玉芳 李疆芬 江辰昊 张安志 袁鑫 李范平 梁伟华 李曼
• 机 构: 石河子大学医学院病理系/石河子大学医学院第一附属医院病理科,首都医科大学附属北京朝阳医院病理科
• 出 处: 农垦医学
• 发表日期: 2020年3期
• 关键词: 食管癌 GEO数据库 MIRNA MRNA 调控网络 Esophageal cancerGEO databasemiRNAmRNARegulatory netw
• 基金项目: 国家自然科学基金(81760428,81960435,8146036,81860518),石河子大学高层次人才科研启动项目(RCZK2018C19),新疆生产建设兵团科技发展项目(2018AB033),国家农村地区上消化道早期发现与治疗项目(2018年),兵团青年科技创新领导人才项目(2017CB004)

目的:用生物信息学分析方法初步构建食管癌mi RNA和m RNA的调控网络,探索其在食管癌中的分子调控机制。方法:从GEO下载数据集GSE114110(n10 T30),GSE59973(n3 T3)使用GEO2R进行差异表达基因分析,使用R语言软件probezsylnbol做热图分析;再通过GEOR2对食管癌差异m RNA进行分析及funrich对mi RNA靶基因预测和m RNA预测取交集,使用DAVID和Cytoscape中的插件Clu GO进行GO富集分析,最后通过下载预后数据绘制mi RNAs的