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90年代以来，分子生物学在医学中的研究占了主导地位，人们企图从分子水平弄清风湿病的发病机制，并通过调控基因的表达达到根治疾病的目的。风湿病学领域中研究的内容涉及到自身抗体、补体、细胞因子、细胞黏附分子、HLA抗原等等。然而，这些研究中至关重要的是要寻找导致免疫异常的病因。如果说80年代细胞生物学、特别是单克隆抗体（McAb）的研究在风湿病中独领风骚的话，那么90年代分子生物学基因的研究则独占鳌头，前者以抗肿瘤坏死因子（TNFα）和抗CD4McAb治疗类风湿关节炎（RA）为代表；后者以研究基因与某些疾病的相关性为特征。人类基因组计划是到2005年要把人类3×109个核苷酸和5～10万个基因的结构、功能、染色体定位、DNA序列全部搞清楚，那时对风湿病的发生、发展和治疗的认识将有戏剧性的变化。