【摘 要】
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目的 运用二代测序技术检测猴空泡病毒40(SV40)感染非洲绿猴肾细胞(Vero)后细胞内长链非编码RNA(lncRNA)的差异表达情况,并分析差异表达lncRNA的生物学功能,为解析SV40和宿主
【机 构】
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昆明医科大学,云南昆明650500;中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所疫苗研究室;云南省虫媒传染病防控研究重点实验室
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目的 运用二代测序技术检测猴空泡病毒40(SV40)感染非洲绿猴肾细胞(Vero)后细胞内长链非编码RNA(lncRNA)的差异表达情况,并分析差异表达lncRNA的生物学功能,为解析SV40和宿主细胞的互作机制提供新思路.方法 用SV40病毒感染Vero细胞,72h后收取样品,与对照组同时使用Trizol法提取RNA,并对其进行二代测序.使用CNCI、CPC和Cuff links系列软件对来源于Vero细胞的lncRNA进行鉴定,筛选差异表达lncRNA.根据位置关系进行lncRNA靶基因预测,利用GO富集分析和KEGG富集分析进行靶基因功能富集分析. 结果 SV40感染Vero细胞后,共有274个lncRNA发生显著性差异表达,其中50个表达上调,224个表达下调.GO富集分析显示,差异表达lncRNA靶基因主要与胞内信号转导、染色质沉默、免疫反应、葡萄糖代谢和蛋白磷酸化调控等生物学过程密切相关.KEGG富集分析显示,差异表达lncRNA的靶基因主要富集在Notch信号通路、TGF-β信号通路、mTOR信号通路和抗原加工和呈递等多个信号通路上. 结论 SV40感染Vero细胞后重塑了Vero细胞的lncRNA表达谱,多个显著差异表达的lncRNA通过Notch、TGF-β、mTOR和抗原加工和呈递等信号通路参与细胞对病毒感染的反应调控.
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