基于隐马尔可夫模型对原核生物编码序列的识别

• 作 者: 曹红艳 马靖 李治 张岩波
• 机 构: 山西医科大学卫生统计教研室
• 出 处: 中国卫生统计
• 发表日期: 2015年02期
• 关键词: 隐马尔可夫模型 编码区序列识别 大肠杆菌
• 基金项目: 国家自然科学基金资助项目(31071156)

目的探讨隐马尔可夫模型在大肠杆菌编码序列识别中的应用,为生物信息挖掘、致病位点研究提供方法参考。方法对大肠杆菌训练集数据进行训练建模,并对测试序列进行识别,用特异度、灵敏度以及精确度三个指标进行评价。结果利用本试验的方法识别编码序列的灵敏度为73.33%,特异度为67.78%,精确度为70.56%。结论隐马尔可夫模型能很好地模拟离散状态间的转换,适用于识别有状态转移、线性序列的数据。