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与传统药理学的最大区别在于，网络药理学紧紧围绕系统生物学、生物网络构建和分析、连接性、冗余性和多效性等进行药物有效性、毒性、代谢特性的揭示，是建立在高通量组学数据分析、计算机虚拟计算及网络数据库检索基础上的生物信息网络构建及网络拓扑结构分析策略和技术基础上的科学思想和研究策略。以系统生物学和网络生物学基本理论为基础的网络药理学具有整体性、系统性的特点，注重网络平衡(或鲁棒性)和网络扰动，强调理解某个单一生物分子在生物体系中的生物学地位和动力学过程要比理解其具体生物功能更为重要，揭示药物作用的生物学和动力学谱要比揭示其作用的单个靶标或几个“碎片化”靶标更重要。作为药理学的新兴分支学科以及交叉学科，网络药理学揭示的是比现代分子药理学更为复杂的药理学规律，基于网络的药物作用机制研究以及基于网络靶标的药物研发都代表着现代生物医药研究新的哲学理念与研究模式。随着疾病和药物相关数据的不断积累，合成生物学的进展，以及网络计算方法和计算软件的发展与完善，网络药理学已经、且继续在快速向前发展着，已为疾病机制揭示及新药研发提供了更多有价值的信息。相信这种基于网络药理学的药物及药理学研究新模式，将对复杂疾病的诊治带来新的重大突破。