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2009年新一轮医改以来，常州市建立财政补偿机制对基层医疗卫生机构（下同简称机构）实行国家基本药物零差价销售进行补偿。2010年12月起全面实施基本药物制度，两年来财政投入8亿多元，对推进机构综合改革发挥了积极作用。但从当前机构运转情况看，财政补偿并未完全化作促进机构良性发展的动力，两者之间尚有一些矛盾亟待解决。