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为了适应加入WTO后制药工业的需要，安徽中医学院和合肥工业大学联合申办了制药工程专业，提出该专业业务培养目标是培养具有现代制药工程基本理论和基本技术，能在医药、农药、精细化工、生物制药等部门从事产品生产、科技开发、应用研究和管理方面的工程技术人才。他们应具备化学、工学、药学、生物及生物技术、数学、外语、计算机等学科知识。教学中充分发挥2校的优势，密切配合，初步形成了有效机制。