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以SCI数据库收录的我国大陆与台湾地区学者合著论文为样本，对1978—2010年期间海峡两岸合著论文的数量变化、学科分布、研究热点、科研机构等合作情况进行计量分析。研究表明，海峡两岸SCI合著论文正处于快速增长阶段，研究主要集中在物理、数学、化学、材料科学等领域，科研机构以高校间的合作为主。通过进一步对两岸合著论文特点的发掘，提出未来深化和加强两岸科学合作的对策建议。