【摘 要】
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目的:应用网络药理技术从氨基酸代谢调控角度分析黄芪甲苷抗糖尿病肾损害网络分子机制.方法:基于前期代谢组学筛选出的与糖尿病肾病进展相关的氨基酸.使用KEGG、PubChem、TCMSP数据库,检索并提取氨基酸及黄芪甲苷的有效靶标基因,采用KEGG pathway数据库进行通路分析;应用Cytoscape绘制黄芪甲苷、氨基酸基因靶标蛋白互作网络图,并提取核心基因靶标.Cytoscape3.7.1软件内在的ClueGO应用进行疾病进展相关氨基酸基因靶标的通路、生物过程、细胞定位、分子功能进行富集分析,并绘制网络
【机 构】
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深圳市中医院肾病科,广东深圳518033
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目的:应用网络药理技术从氨基酸代谢调控角度分析黄芪甲苷抗糖尿病肾损害网络分子机制.方法:基于前期代谢组学筛选出的与糖尿病肾病进展相关的氨基酸.使用KEGG、PubChem、TCMSP数据库,检索并提取氨基酸及黄芪甲苷的有效靶标基因,采用KEGG pathway数据库进行通路分析;应用Cytoscape绘制黄芪甲苷、氨基酸基因靶标蛋白互作网络图,并提取核心基因靶标.Cytoscape3.7.1软件内在的ClueGO应用进行疾病进展相关氨基酸基因靶标的通路、生物过程、细胞定位、分子功能进行富集分析,并绘制网络图.结果:本研究共分析了 10个与糖尿病肾病进展密切相关的氨基酸,提取基因靶标82个,参与KEGG通路62条.提取黄芪甲苷基因靶标24个.通过构建PPI网络,拟合黄芪甲苷和氨基酸基因靶标网络,提取核心靶标39个.富集分析结果表明黄芪甲苷和氨基酸核心基因靶标参与调控细胞应激、转录生长因子调控、蛋白质去乙酰化、RNA聚合酶调控、DNA结合调节、细胞周期调控、碳水化合物分解、糖酵解、细胞增殖染色质重塑等生物过程;涉及的细胞定位包括细胞周期蛋白、RNA聚合酶体复合物、常染色质、转录抑制因子、ATP酶复合物、PcG蛋白复合物、组蛋白甲基转移酶、组蛋白去乙酰化酶、SWI/SNF超家族复合物、Sin3复合物、CHD复合物;参与的分子功能有调控组蛋白去乙酰化、DNA转录因子结合、RNA聚合酶结合、转录因子活化、染色质DNA结合、泛素蛋白连接、p53连接、糖皮质受体结合等;核心基因靶标涉及的KEGG通路以调控细胞周期、癌症、自噬通路相关通路为主.结论:黄芪甲苷可能通过调节糖代谢、蛋白、DNA的转录后修饰,在细胞增殖、细胞周期、氧化应激、细胞自噬等多个分子功能层面实施保护糖尿病肾病肾脏的功能.
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