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近年来,我国高度重视培养产业创新能力、培育经济新增长点,着力推进经济发展方式由传统的要素驱动、投资驱动转向创新驱动,实现经济高质量发展。高新技术产业是决定一国经济发展质量的关键产业,推动高新技术产业创新能力提升对推动转变经济发展方式、实现创新驱动发展战略具有重大意义。近年来创新范式已经实现了从线性创新范式向创新生态系统的跨越。创新生态系统运行机制直接关系着创新能力水平的高低。本文基于创新主体视角,对高新技术产业创新生态系统运行机制进行研究,并针对高新技术产业发展中存在的实际问题提出相关对策建议。