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健全、有效的运行机制是学院制充分发挥其作用的制度保障。当前我国学院制运行过程中存在着大学行政化色彩重、学术权力边缘化、校内监督机构虚置化等问题,其中权力中心过高、学院设置规范性弱和运行机制的不匹配是导致这些问题出现的主要原因,因此亟待构建包含多中心治理下协同运转机制、约束机制、监督机制的大学运行机制。