NCBI和eDNA文库中栽培花生EST-SSR分子标记的开发及其特点

• 作 者: 王金彦 潘丽娟 杨庆利 禹山林
• 机 构: 山东省花生研究所
• 出 处: 分子植物育种
• 发表日期: 2009年4期
• 关键词: 花生 EST-SSR 开发 特点 NCBI和cDNA文库 Peanut （A rachis hypogaea L.） EST-SSR Development
• 基金项目: Program fundation： This research was supported by Modem Agro-industry Technology Research System （nycytx- 19）, National High-Tech Research and Development Plan of China （2006AA10A114, 2007AA10Z189） an

本研究利用NCBI的GenBank数据库中公布的花生86132条EST序列以及利用高油酸品种E12所创建的cDNA文库中的12501条EST序列，对这些序列进行前期处理，总共获得非冗余且拼接较长的singleton 11 260条，contig9972条。通过MISA软件分析发现两个EST库中共包含有3104个SSR位点，占到总共非冗余序列的11．08％。这些SSR位点被分成二核苷酸重复、三核苷酸重复、四核苷酸重复、五核苷酸重复、六核苷酸重复以及混合核苷酸重复等，其中三核苷酸重复占的比例最多，分别占到NC